Después de la muerte del Rey Fernando el Católico, el Palacio de Madrigal de las Altas Torres cae en el olvido, hasta que la Priora del convento agustino de la localidad, Doña María de Aragón, hija bastarda del difunto monarca, se dirige al Emperador Carlos V para solicitarle la donación

de la Casa Real con el fin de convertirla en Monasterio.

A pesar de alguna protesta del Concejo, el Emperador cedió el Palacio a su tía Doña María mediante una Cédula fechada y firmada en Toledo el 8 de julio de 1525.

En 1530 comenzaron las obras de ampliación, y como eran necesarios muchos fondos para poder llevarlas adelante, la religiosa solicitó dos mil cabezas de carneros de los reinos de Aragón y Valencia.
La Emperatriz Isabel de Portugal escribió desde Madrid el 8 de abril de este mismo año a los alcaldes de sacas, dezmeros y otros recaudadores que guardaban los puertos y aduanas que había entre los reinos de Castilla, Aragón y Valencia, para que dejaran paso libre a estos rebaños cuando vinieran a Castilla.

Además de Doña María, profesó en este convento otra hija natural del Rey Católico, nacida en Aragón, que se llamó Doña María Esperanza.

Una cama de sepulcro monumental, hecha en piedra, pudo servir como tumba para estas dos mujeres. Tiene magnífica decoración renacentista de alabastro y está adornada en sus dos frentes más largos con dos escudos que van cuartelados como el de los Reyes Católicos. Aseguran las monjas que las figuras yacentes fueron destruidas por las tropas napoleónicas.

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